Teritorinė muitinė nagrinėja šio kodekso 841 straipsnio antrojoje dalyje ir dvidešimt antrojoje dalyje (dėl draudimo eksportuoti metalinį gyvsidabrį, gyvsidabrio junginius ar mišinius su kitomis cheminėmis medžiagomis, įskaitant gyvsidabrio lydinius, nesilaikymo), 844 straipsnio pirmojoje, antrojoje, trečiojoje, ketvirtojoje, šeštojoje, septintojoje ir aštuntojoje dalyse (dėl importo ir eksporto reikalavimų pažeidimo), 130 straipsnio antrojoje dalyje, 1362 straipsnyje, 145 straipsnio antrojoje dalyje, 148 straipsnyje, 171 straipsnio trečiojoje dalyje, 1712 straipsnio pirmojoje dalyje, 1732 straipsnio pirmojoje dalyje, 2091 straipsnio pirmojoje dalyje, 2092 straipsnio pirmojoje, antrojoje, ketvirtojoje ir penktojoje dalyse, 2093 straipsnio pirmojoje, ketvirtojoje ir penktojoje dalyse, 2094 straipsnio pirmojoje dalyje, 2095, 2096 straipsniuose ir 210 straipsnio trečiojoje dalyje numatytų administracinių teisės pažeidimų bylas.
Teritorinės muitinės vardu nagrinėti administracinių teisės pažeidimų bylas ir skirti administracines nuobaudas turi teisę teritorinių muitinių viršininkai ir jų pavaduotojai.