Vidaus vandenų transporto organai nagrinėja šių administracinių teisės pažeidimų bylas: dėl eismo tvarkos apsaugos ir saugumo taisyklių, krovinių išsaugojimo vidaus vandenų transporto priemonėse užtikrinimo taisyklių, priešgaisrinės saugos taisyklių vidaus vandenų transporto priemonėse pažeidimo (šio kodekso 119, 1191 straipsniai, 1192 straipsnio antroji dalis, 120 straipsnis, 121 straipsnio pirmoji dalis, 122, 1221 straipsniai, 136 straipsnio antroji dalis, 1361, 141 ir 143 straipsniai).
Vidaus vandenų transporto organų vardu nagrinėti administracinių teisės pažeidimų bylas ir skirti administracines nuobaudas turi teisę Lietuvos saugios laivybos administracijos direktorius, jo pavaduotojas, regioniniai valstybiniai inspektoriai ir vidaus vandenų transporto priemonių kapitonai.
Vidaus vandenų transporto priemonių kapitonų skiriama bauda negali būti didesnė kaip vienas šimtas litų.